Le prix des piles à combustible est actuellement le principal frein à sa commercialisation.
La pile à combustible en elle-même coûte cher car elle est faite de matériaux onéreux : son catalyseur est en platine, elle contient du graphite et le prix de fabrication de sa membrane à H+ est également élevé. Cependant, les chercheurs ont réussi à diminuer la quantité de platine présente dans les piles à combustible et ont donc déjà permis une légère baisse des coûts.
Mais un autre problème se présente : l’alimentation en hydrogène est également onéreuse. Selon le pays et la source d'extraction, le bilan varie d'un extrême à l'autre. Ainsi, le meilleur rendement est obtenu lorsque l'on produit de l'hydrogène à partir du gaz naturel en utilisant de l'électricité en provenance de centrales nucléaires françaises. Cette solution présente toutefois l'inconvénient d'un prix de revient exorbitant, de 24 à 29€ le giga Joule, contre 7€/GJ pour la production et la distribution du super sans plomb 95 et 98, 6€/GJ pour le gazole, et 13€/GJ pour le GPL, car la pile à combustible a besoin d’hydrogène pur pour fonctionner, et cette purification est encore une fois coûteuse.
La solution est donc d'associer plusieurs solutions afin de tirer le maximum d'avantages de ces filières.
Ainsi, la voiture qui offrirait le meilleur rapport entre le prix, la pollution et l'efficacité devrait adopter une motorisation hybride Diesel et moteur électrique avec une batterie de grande capacité et dotée d'une pile à combustible alimentée à l'hydrogène comprimée. L'unique voiture hybride commercialisée en France, qui a un coût encore très élevé, est encore loin de ce raffinement.
Les experts prévoient aujourd’hui que les problèmes de prix de la pile à combustible seront résolus d’ici 10 ans.
